DiskCryptor начиная с версии 0.2.6 содержит BartPE plugin, позволяющий интегрировать программу с Windows LiveCD. Это позволит вам получить доступ к данным в случае невозможности загрузить систему, а также зашифровывать и расшифровывать разделы.
Скачайте PE Builder с сайта http://www.nu2.nu/pebuilder/. Создайте в директории PE Builder папку plugin\dcrypt, и скопируйте туда содержимое папки BartPE из архива с релизом DiskCryptor. Запустите PE Builder, укажите в нем путь к файлам дистрибутива Windows, создайте сборку LiveCD и запишите ее на диск.
После загрузки с LiveCD вы можете запустить DiskCryptor из меню BartPE, либо воспользоваться консольной версией из командной строки. Рекомендуется создавать LiveCD перед шифрованием системного раздела. Это поможет в случае возникновения каких-либо проблем при загрузке системы.